O Convento de S. Francisco, que actualmente se encontra em fase de remodelação, foi fundado em 1617, com origem na esmola dada pelo cabido da Sé de Miranda a dois frades franciscanos. Em 1618 já tinha nove religiosos e irmãos leigos.
As obras de construção da estrutura física iniciaram-se em 1620 a expensas de D. Luís Álvares de Távora (que é como quem diz, à custa do zé pagode...).
Em 1834, Joaquim António de Aguiar acabou com a tosse aos frades e incorporou o edifício no património da Fazenda Nacional (fonte: Arquivo Nacional da Torre do Tombo).